忍者喬伊回到了自己的住處：一艘船上，發(fā)現了正在給船刷油漆的麗莎。原來(lái)是麗莎弄錯了，喬伊要的是拋光。麗莎決定晚上請喬伊吃飯作為彌補。喬伊回到了武道館，見(jiàn)到了哲師傅，哲師傅讓喬伊幫他看家，并且扔下了十二歲的海洛讓喬伊照顧。另一方面，麗莎的爸爸史崔貝是個(gè)科學(xué)家，為格洛克和左比諾將軍研制了一種殺蟲(chóng)劑。為了催促史崔貝為他們研制毒氣炸彈，格洛克派出手下毒蛇去抓麗莎。喬伊帶海洛去赴約，在飯桌上，知道了麗莎是故意弄錯的，目的就是想認識喬伊。就在喬伊和麗莎吃完晚飯的時(shí)候，毒蛇出現，抓走了麗莎。喬伊和海洛尾隨上了飛機，來(lái)到了委內瑞拉。就在機場(chǎng)，喬伊被抓，格洛克怕喬伊找麻煩，命令美國大使以間諜的罪名處理喬伊。就在警車(chē)載著(zhù)喬伊離開(kāi)時(shí)，海洛偷了屠夫的自行車(chē)，跟在了后面，在一個(gè)下坡沖進(jìn)了水果攤，兩個(gè)警察下車(chē)看情況，海洛趁機開(kāi)走了警車(chē)，拉著(zhù)喬伊呼嘯而逃。在路上與毒蛇等人交手，勝利。喬伊和海洛兩人回到碼頭，又被格洛克的手下“扁平頭”襲擊，喬伊落水逃跑，海洛誤以為喬伊身亡，流落街頭，卻不曾想遇見(jiàn)了那個(gè)屠夫，喬伊出手及時(shí)相救，兩人在路上又遇見(jiàn)了毒蛇，交手后，喬伊逼迫一個(gè)忍者說(shuō)出了麗莎所在的地方。在一個(gè)頂樓，海洛想起了父親被殺的情景，喬伊就教海洛一些忍術(shù)。兩人結伴前去營(yíng)救麗莎。經(jīng)過(guò)一番打斗，兩人救出麗莎，又決定去救麗莎的父親史崔貝。于此同時(shí)史崔貝決定放手一搏，與壞蛋同歸于盡，在操作過(guò)程中，不料被發(fā)現，史崔貝被關(guān)在了實(shí)驗室內，成了毒氣的試驗品。這時(shí)喬伊趕到了一個(gè)倉庫內，和毒蛇大打出手。麗莎趁機跑掉，來(lái)到了實(shí)驗室，卻不料被扁平頭關(guān)進(jìn)了實(shí)驗室，父女相見(jiàn)。毒氣炸彈啟動(dòng)，時(shí)間一分一秒的流逝。喬伊打跑了毒蛇，趕到實(shí)驗室，打開(kāi)了實(shí)驗室的大門(mén)，搶著(zhù)帶上了防毒面具，格洛克、扁平頭和美國大使中毒身亡。這是喬伊發(fā)現海洛不見(jiàn)了，原來(lái)海洛想起毒蛇就是殺他爸爸的人，海洛和喬伊先后上了飛機，在飛機上與毒蛇打斗，最后，用火點(diǎn)燃了毒蛇的斗篷，毒蛇墜機而亡。海洛和喬伊勝利了。在麗莎的船上，史崔貝、麗莎、喬伊、海洛和哲師傅幾個(gè)人相聚，喬伊和麗莎成就看愛(ài)情，海洛也成了一個(gè)真正的忍者。