紐西蘭老科學(xué)家發(fā)明一個(gè)名為“天狼星”的三棱鏡，它可將人的潛能激發(fā)，形成難以置信的超能力。但這項發(fā)明很快被當地一黑社會(huì )組織盯上，他們襲擊實(shí)驗室，殺害老科學(xué)家。危急時(shí)刻，天狼星被參加實(shí)驗的青年金剛（許冠杰 飾）和科學(xué)家的女兒莎莉（葉倩文 飾）帶出紐西蘭，來(lái)到香港。
　　返港后，金剛尋求偵探光頭佬（麥嘉 飾）的幫助，誰(shuí)知黑幫尾隨而至，虜走光頭佬的妻子賀警司（張艾嘉 飾）作人質(zhì)。為救愛(ài)妻，光頭佬帶著(zhù)兒子，協(xié)同金剛趕至紐西蘭……

野心勃勃的九王爺（白彪 飾）企圖謀權篡位，落敗的皇帝（艾飛 飾）命令兩名侍衛將兩個(gè)皇子分別抱走，以延續皇家血脈。大太子（狄龍 飾）被送到了少林寺，三個(gè)瘋瘋癲癲的和尚收留了他，替他取名道行，傳授其武功。二太子（爾冬升 飾）則被丞相（谷峰 飾）收為義子，改名為王子泰。轉眼多年過(guò)去，某日，王子泰來(lái)到了少林寺，偶然遇見(jiàn)了道行，盡管他們彼此都不知道對方的身份和身世，但兩兄弟還是一見(jiàn)如故，很快就結下了堅實(shí)的友誼。九王爺買(mǎi)通了寺廟內的僧人，想要將道行和王子泰斬草除根，無(wú)奈之中，兩人逃出了少林，踏上了充滿(mǎn)危險的未知之旅。

　　郊外神社的神殿里，九位年輕武士在秘密開(kāi)會(huì )，城代家老的外甥井坂（加山雄三飾）準備向大目付菊井求助整治內部問(wèn)題。但外貌邋遢的武士椿三十郎（三船敏郎飾）出現，告訴他們菊井才是背后的黑手。果然，神殿很快被大目付手下團團圍住，三十郎出手替年輕人解危，而室戶(hù)半兵衛（仲代達矢飾）卻欣賞三十郎的身手，歡迎他加入。之后，三十郎與九人組去找城代家老，卻發(fā)現晚了一步已被綁架。
　　他們到了武士寺田家中再謀營(yíng)救，隔壁就是敵人所在的黑藤府。菊井一邊監禁了城代家老，另一邊又想著(zhù)引出年輕武士們出洞，幸得三十郎所救。在精妙計謀下，解救成功。但室戶(hù)半兵衛卻不放過(guò)三十郎，較量的勝負就在一瞬間。

繼上一次的怪獸高燃對戰之后，金剛和哥斯拉將再度聯(lián)手對抗一個(gè)潛伏在世界中的巨大威脅，并逐步探索這些巨獸們的起源以及骷髏島等地的奧秘。同時(shí)，上古之戰的面紗也將會(huì )被揭曉，而正是那場(chǎng)戰斗創(chuàng )造出了這些超凡的生物，并深刻影響了人類(lèi)世界的命運。