正在調查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛隊二尉有動(dòng)貴文（大澄賢也），遇到了突然出現的藍光，受發(fā)光體的影響，導致遺傳因子標準的變質(zhì)，變成了兇惡的怪獸THE ONE。之后，他（THE ONE）從防衛廳內的特殊機關(guān)BCST（對生物工程學(xué)的研究機關(guān)）的監視下逃走，從此就沒(méi)了音訓。
　　另一方面，航空自衛隊F15J飛行員真木舜一（別所哲也），為了多點(diǎn)時(shí)間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢(mèng)決定辭去官職。在最后一次飛行中真木與“紅色發(fā)光體”在空中相遇。這是the one事件后3個(gè)月發(fā)生的事情。但是真木奇跡般地生還，然后轉職成為了民航機飛行員，展開(kāi)了新生活。對這樣的真木還是有機關(guān)非常關(guān)注，尤其是BCST中的化學(xué)擔當官水原沙羅，BCST將真木強制帶走，在廢工廠(chǎng)中搭建的BCST研究室進(jìn)行身體上的監視。此時(shí)行蹤不明的怪獸THE ONE像被某種東西吸引而回來(lái)了。遭受THE ONE攻擊而瀕死的真木，身體發(fā)生了變化，在紅色光球的力量之下變身了！變成身高10M擁有銀色光芒的鋼鐵身體型態(tài)，偶而還有自己意志的真木，跟THE ONE展開(kāi)作戰，但是因為變身不完全，能量快速消耗，在遭到?jīng)Q定性的一擊后變回了真木舜一的型態(tài)。然后沙羅將這個(gè)在THE ONE之后出現的生命體定名為“THE NEXT”。
　　真木在從東京被護送回BCST研究室的途中得知了兒子繼夢(mèng)入院的消息,在趕到醫院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此時(shí),人類(lèi)最大的危機出現了,在吸收了各式各樣的生物進(jìn)入體內而產(chǎn)生變異的"THE ONE"重返出現在新宿的街道上,從口中發(fā)出的的超絕火炎光彈將街道燒毀殆盡有慟的人格已經(jīng)被"THE ONE"取代,已經(jīng)成為不能變回為人的狀態(tài)。不過(guò)那樣的有慟以前與水原沙羅卻是有著(zhù)婚約的情侶為了沙羅心中的回憶，并且為了跟兒子繼夢(mèng)的約定，為了保護心愛(ài)的家族，真木再次變身。那個(gè)姿態(tài)更加進(jìn)化成巨大化40m，在間接部有像流血般的紅色，兩肘的特征是出現肘刀?，F在，以新宿副市中心為舞臺，ULTRAMAN與"THE ONE"的決戰之火開(kāi)始燃燒了！