自西元20XX年，人類(lèi)從肯亞圖爾卡納湖的湖畔挖出了一個(gè)名叫索哈爾(Zohar)的物體之后，便開(kāi)始對它進(jìn)行研究，后來(lái)有人重建出來(lái)所謂的“神之語(yǔ)言”，并建立電腦程式以啟動(dòng)原始索哈爾，進(jìn)行和上位領(lǐng)域的U-DO(上位領(lǐng)域當中的紅色波動(dòng)存在)連結的連結實(shí)驗，但很不幸地，從上位領(lǐng)域流入下位領(lǐng)域的能量造成了事象變移，使地球(游戲中所謂的“失落耶路撒冷”)幾乎完從從宇宙中“消失”，人類(lèi)因而被迫逃亡，離開(kāi)地球。
　　到了四千年多后，在故事開(kāi)始前十五的T.C.4753年，米爾奇亞行星(Miltia)爆發(fā)了所謂的米爾奇亞沖突事件，在此次事件當中，米爾奇亞行星的人類(lèi)疑似遭到了格諾西斯(Gnosis)的攻擊，并在沖突事件后消失，但事件的真相卻因為米爾奇亞的消失而不為人知。在事件后，啟動(dòng)原始索哈爾（后來(lái)人類(lèi)制造出了十二具索哈爾模擬體，因此原有的索哈爾就被稱(chēng)之為原始索哈爾）所需的神之語(yǔ)言、原始索哈爾的研究成果、米爾奇亞的U.M.N.座標等事物，都被封存在Y資料當中，而Y資料又被封存在百式觀(guān)測用合成人(Relian)M.O.M.O.的意識內，然而這么做卻引起了各方勢力對M.O.M.O.的爭奪，因此星團聯(lián)邦政府(游戲中統治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一個(gè)名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保護M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米爾奇亞沖突事件結束后的十幾年，也就是大約在游戲EPI開(kāi)始的時(shí)候，當時(shí)最大的企業(yè)貝克達公司以對抗格諾西斯侵擾的名義，進(jìn)行對格諾西斯用戰斗兵器KOS-MOS的開(kāi)發(fā)計劃，但和當時(shí)多使用合成人(Relian)與生化人(Cyborg)的情況所不同的是，KOS-MOS是個(gè)純粹的機械制品。另一方面，在EPI開(kāi)始時(shí)，參與KOS-MOS開(kāi)發(fā)計劃的貝克達公司第一開(kāi)發(fā)局研究人員卯月紫苑，正乘著(zhù)當時(shí)載有還沒(méi)正式啟動(dòng)的KOS-MOS的Woglinde號太空船進(jìn)行旅途。但沒(méi)想到其太空船卻被沖著(zhù)索哈爾而來(lái)的格諾西斯所攻擊，而KOS-MOS也在此時(shí)突然啟動(dòng)，卯月紫苑因而被卷入一連串和格諾西斯及索哈爾有關(guān)的陰謀，以及會(huì )改變人類(lèi)命運的事件當中……

　　恐怖大王的威脅消除了，本院寺有恢復了平凡的日常生活。
　　在這座寺廟，住著(zhù)一位大學(xué)生森里螢一，與三位女神。一年前，螢一打電話(huà)錯打到女神事務(wù)所，并與女神貝璐丹蒂開(kāi)始了同居生活，之后貝璐丹蒂的兩位妹妹也住進(jìn)了寺廟。
　　這一天，救助女神事務(wù)所的數據出現了問(wèn)題，螢一的契約可能會(huì )被取消！而唯一恢復契約的方式就是螢一再次說(shuō)出一年前的愿望，可是螢一卻忘了當時(shí)所說(shuō)的話(huà)。
　　到底當時(shí)螢一許下了什么愿望，他與貝璐丹蒂的幸福生活還能否繼續？為了明天的幸福，今天一定要想起當時(shí)許下的心愿。
　　根據藤島康介同名漫畫(huà)改編的TV版動(dòng)畫(huà)第2季。

　　好不容易進(jìn)入了大學(xué)，想要好好學(xué)習出人頭地的“完美”男生李清吉，剛一入學(xué)就莫名被拐入了一個(gè)三流搖滾樂(lè )隊，隊長(cháng)燕回空有一張帥臉卻性格超差，這種頹廢的生活根本是浪費青春！但是，他所彈奏的旋律，卻喚起了李清吉塵封于心中的回憶……

　?。嫉冢丛?huà)＞”美しき翼”
　　美しき翼YOMIのリーダー葉翔がついに動(dòng)き出す??！
　　暗の一影九拳も揃い物語(yǔ)は加速していく！
　　一方美羽とケンイチは初のデートへ、そこに現れたものは???
　　美羽出生の謎とは？、一なる継承者とは？??！
　?。嫉冢翟?huà)＞”死神対悪魔”心優(yōu)しき巨人アパチャイ?ホパチャイ
　　裏ムエタイ界の死神の異名を持つ彼がなぜ梁山泊に住み著(zhù)いたかを解き明かす
　　超スペクタクル冒険活??！第５話(huà)”死神対悪魔”
　?。脖就瑫r(shí)収錄の豪華版?。?！