知名舞臺劇女演員牧樹(shù)里這日收到怪盜基德的預告信：在26個(gè)字母的盤(pán)旋飛舞中，他來(lái)拜領(lǐng)無(wú)價(jià)的“命運的寶石”。毛利小五郎受到牧樹(shù)里委托將信件分析，認為基德將在演出最后一晚前來(lái)盜取寶石，當晚他及柯南、小蘭等人來(lái)到劇場(chǎng)，那里早有諸多警察守候。令柯南吃驚的是，基德竟扮成工藤新一出現在眾人面前，但他及眾人方向不同的緊張過(guò)后，寶石并沒(méi)被盜，柯南醒悟字母預告信與航班相關(guān)。而柯南、小蘭、牧樹(shù)里及其同事搭乘的前往北海道的飛機上，尚有一起殺人計劃正被精心設計。

東京、大阪、京都相繼發(fā)生殺人事件，5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調查，發(fā)現死者都是出沒(méi)于3地專(zhuān)門(mén)偷竊有名的佛像及美術(shù)品的偷盜集團“源氏螢”成員。該集團共有成員8名，以義經(jīng)的家臣名字互相稱(chēng)呼，且都持有一本《義經(jīng)記》，被害5人手中的《義經(jīng)記》均被拿走。這日京都古寺山能寺收到奇怪書(shū)信，說(shuō)若能解開(kāi)信中所附的畫(huà)謎，便能找到8年前被竊的如來(lái)佛像?？履?、小蘭隨毛利小五郎來(lái)到該寺，均對畫(huà)謎一籌莫展。5名被殺者之一曾對與新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也來(lái)到京都對案件秘密展開(kāi)調查，并借機找尋自己的初戀情人?？履吓c服部相遇聯(lián)手調查時(shí)，發(fā)現有人想置服部于死地，緊接“源氏螢”另一成員被害，而這一切，似乎又都與畫(huà)謎有關(guān)。

這日柯南、小蘭一行人來(lái)到米花市市政大廳，一場(chǎng)有關(guān)最新游戲“繭”的發(fā)布會(huì )正在這里召開(kāi)。由于迥異于以往任何一款游戲的“繭”可能一舉改變全球游戲業(yè)界的價(jià)值觀(guān)，發(fā)布會(huì )吸引了代表日本上流社會(huì )的政治、財經(jīng)、演藝界人士，50名游戲體驗者也多是他們的后代，新一的父親、推理小說(shuō)大師工藤優(yōu)作由于參與故事編寫(xiě)，也來(lái)到現場(chǎng)。這邊熱熱鬧鬧，游戲的研發(fā)者兼負責人堅村卻被殺于地下室。堅村死前留在鍵盤(pán)J、T、R上的血跡令柯南想到答案可能在游戲中，他利用優(yōu)作的關(guān)系加入了體驗者隊伍，小蘭、灰原哀等人也拿到了體驗入場(chǎng)券。
　　50名體驗者剛分別進(jìn)入一個(gè)外型酷似蠶繭的“大型膠囊”，游戲即被自稱(chēng)“諾亞方舟”的人工智能控制，“諾亞方舟”稱(chēng)游戲將提供5個(gè)完全真實(shí)的歷史場(chǎng)景，體驗者可選擇其中之一進(jìn)入，被淘汰會(huì )進(jìn)入休眠狀態(tài)，若最后無(wú)人走到終點(diǎn)，他們的大腦組織皆會(huì )被摧毀，此舉是為令日本社會(huì )重生?？履弦恍屑皫讉€(gè)驕橫無(wú)禮的上流社會(huì )公子哥進(jìn)入的是19世紀倫敦的貝克街，那里殺人犯開(kāi)膛手杰克正在興風(fēng)作浪，他身上正有柯南要找的答案！而優(yōu)作也在現實(shí)中正對案件展開(kāi)調查。

柯南在街頭目睹一名正打電話(huà)的警察在雨中被射殺，忙將兇手追蹤，但兇手逃脫。死者閉眼一刻緊抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南從目暮警官口中了解到緊抓左胸是暗示那里有警察手冊。不久又有警察手拿警察手冊被人射殺于地下車(chē)庫。對于這兩起案件，目暮警官等人一反常態(tài)不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心進(jìn)一步追問(wèn)，白鳥(niǎo)警官只答一句“Need not to know”。該話(huà)是警察之間所用的密語(yǔ)，意味這兩起殺人事件與警察內部人士有關(guān)。
　　柯南、小蘭等人參加白鳥(niǎo)妹妹的婚宴，電突然間停掉，那刻小蘭正與女警佐藤在洗手間。小蘭拿起身邊的手電筒欲照明時(shí)，一顆子彈射進(jìn)佐藤身體，小蘭嚇昏過(guò)去。次日小蘭醒來(lái)，卻因怪責自己害佐藤挨槍失去記憶。目暮見(jiàn)事態(tài)越來(lái)越嚴重，將秘密說(shuō)出，原來(lái)死去的兩名警察正與佐藤一起重查一樁有關(guān)醫生仁野自殺的案件，該案涉及到警察局長(cháng)的公子。將局長(cháng)公子假定為嫌疑人之一時(shí)，柯南亦想到佐藤被射殺后宴會(huì )上少掉的兩個(gè)人。