抗戰時(shí)期，國民黨高級將領(lǐng)吳克峰感于我黨大義，投身革命陣營(yíng)，并隱蔽在敵軍內部工作，成為一名光榮的“臥底將軍”。
　　吳克峰同鄉軍官姬少康，在鄉時(shí)與侍女汪寒梅戀愛(ài)并致其產(chǎn)下一子。姬父作主將汪寒眉強行嫁于同鄉侄輩吳克峰。吳家父母開(kāi)通，愿意施恩收容，吳克峰卻深感汪寒眉與姬少康有染，政治面目模糊，左右為難。恰逢山河淪陷，吳克峰痛別故鄉，毅然踏上抗戰征途，自此不問(wèn)家事。 危城陷落前夕，婆母病故，寒眉尋夫報喪，迷失陣中，獨子夭亡，幸被我新四軍營(yíng)救于危難。在我黨的教育下，汪寒眉加入了革命工作，并被派入敵中統內部，成為一名優(yōu)秀的我黨特工。
　　抗戰勝利后，蔣方全力進(jìn)攻解放區，我黨啟動(dòng)代號“密使一號”的吳克峰，命令他執行策反任務(wù)，瓦解敵軍。出于工作需要，代號“密使二號”的汪寒眉也前往軍中，專(zhuān)司協(xié)助吳克峰。已成為中統特務(wù)的姬少康，則被遣入部隊執行反諜使命。三個(gè)有著(zhù)深刻恩怨糾葛的同鄉齊集沙場(chǎng)，在山雨欲來(lái)的時(shí)刻，各施身手，在復雜的感情羈絆中不忘劍拔弩張，展開(kāi)了一幕幕險象環(huán)生的敵后諜報斗爭。
　　吳克峰智盜城防圖、秘毀城防設施、游說(shuō)司令馬淮安……一步步成功瓦解了敵軍，策反了多數進(jìn)步將士，但在姬少康和軍統特派員林雙木的步步緊逼下，也屢屢險象環(huán)生，幾番涉險于暴露邊緣。
　　出于單線(xiàn)聯(lián)絡(luò )的需要，汪寒眉長(cháng)期不知吳克峰身份，吳克峰情知對汪寒眉所欠甚巨，卻無(wú)法當面致歉，二人在秘密工作上珠聯(lián)璧合，情感上卻恩怨交集。當終于勝利在望，傾訴衷腸之機近在眼前，卻已到生離死別之時(shí)，包括汪寒眉在內的眾多戰友以慘烈的犧牲，換來(lái)了任務(wù)的成功。吳克峰痛別戰友，只身前往南京，準備接受更艱苦的考驗。
　　抗戰勝利，全國人民期盼和平建國，蔣介石撕毀“和平協(xié)定”，下達剿匪令。中國命運大決戰拉開(kāi)帷幕。中共中央為爭取國民黨西北軍起義，決定啟用“密使一號”吳克峰，并派“密使二號”汪寒眉赴西北軍協(xié)助工作。國民黨軍統局派處長(cháng)嵇紹康赴西北軍清查共產(chǎn)黨間諜。吳、汪、嵇三人見(jiàn)面引起一段往事前緣。
　　10年前，淮河岸邊美麗清純的貧民女子汪秀眉迫于生計，被父母送到大戶(hù)人家嵇家當傭女，專(zhuān)職伺候才從日本留學(xué)歸來(lái)的嵇家大少爺嵇少康。嵇少康和她日久生情，開(kāi)始了如膠似漆的熱戀。汪秀眉懷孕后，嵇少康迫于大家族的壓力違背了娶汪秀眉過(guò)門(mén)的誓言，汪秀眉被趕出嵇家。未婚先孕的汪秀眉被當成家里的恥辱，匆匆嫁給了狼嘴村的吳克峰。誰(shuí)知道吳克峰得知汪秀眉未婚先育并且懷有逆子，他離家出走了。在吳家盡職盡責做好兒媳的汪秀眉生下兒子，以為可以暫且偷生，可是日本人的炮火肆虐，毀滅了整個(gè)吳家，也奪走了汪秀眉和嵇少康的兒子。大難不死的汪秀眉和吳克峰的弟弟吳克嶺相繼參加新四軍，希望能一雪國恥家恨。
　　離家出走的吳克峰考入了保定軍校，畢業(yè)后加入了馮玉祥的部隊，并且和蔣經(jīng)國一起被派往莫斯科中山大學(xué)學(xué)習，光榮地加入了中國共產(chǎn)黨?；貒笏麤](méi)有回到蘇區工作，而是帶著(zhù)組織上秘密的聯(lián)系回到了馮玉祥的西北軍。而此刻的嵇少康也從軍校畢業(yè)，并且參加了軍統培訓，成為了軍統特務(wù)，后被派往六十八集團軍任情報處長(cháng)。
　　參加新四軍的汪秀眉在一次受傷后也被組織秘密派去國民黨軍校學(xué)習無(wú)線(xiàn)電報務(wù)，并成功的打入吳克峰所在的六十八集團軍軍部做報務(wù)員。
　　吳克峰的弟弟吳克嶺改名吳輝，成為共產(chǎn)黨一名優(yōu)秀的諜報人員。嵇少康的妹妹嵇亞琪本是一個(gè)思想進(jìn)步的青年，卻因為中統特務(wù)的教唆，最后成為打入解放軍內部的棋子，利用和吳輝的親密關(guān)系傳遞大量情報給敵方。
　　臥底將軍分集劇情介紹六十八集團軍司令馬淮安的千金馬夢(mèng)蘭留英歸來(lái)。瘋狂的愛(ài)上了吳克峰，吳克峰希望發(fā)展馬夢(mèng)蘭并進(jìn)而影響馬淮安達成策反大計，卻又無(wú)法接受馬夢(mèng)蘭的愛(ài)，馬夢(mèng)蘭由愛(ài)生恨投入了嵇紹康的懷抱。
　　幾個(gè)年輕人的命運，因為戰爭而糾纏在一起，前史的情感糾葛，如今的諜海沉浮，最終正義戰勝了邪惡，可是各自感情的歸宿又將何去何從?