21世紀初，人類(lèi)將多數人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計劃失敗，人類(lèi)只得再度返回地球。而長(cháng)距離亞空間航行所引發(fā)的時(shí)空歪曲，導致人類(lèi)回到的地方變成了“兩萬(wàn)年后的地球”。在這個(gè)地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時(shí)，與?？宋鞲?、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實(shí)行謀劃了20年的“對哥斯拉戰術(shù)”，通過(guò)殊死戰斗成功擊倒了哥斯拉。
　　但喜悅并未持續多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現身了。兩萬(wàn)年間持續成長(cháng)生存、身高300米、質(zhì)量超過(guò)10萬(wàn)噸，在進(jìn)化成這種姿態(tài)的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被視為人類(lèi)的殘存者“弗圖亞”之民，米亞娜。弗圖亞是他們在這個(gè)地球首次遇到的人型生命種族。他們會(huì )是人類(lèi)的子孫嗎——?！案D亞的神也被哥斯拉擊破，如今只剩下卵。挑戰者、抗爭者，全部被火焰吞噬而消失了”面對這樣的他們，晴男回應道“這是以人類(lèi)的雙手奪回地球的最后機會(huì )了”。
　　另一方面，比爾沙爾德的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀他們在富士山麓作為“對哥斯拉決戰兵器”所開(kāi)發(fā)、在啟動(dòng)前遭到破壞的“機械哥斯拉”由同種物質(zhì)所構成。這正是當時(shí)的開(kāi)發(fā)設備至今仍然殘存的證明——。