機動(dòng)戰士高達SEED的系列作再開(kāi)。這次除了我們大家熟悉的基拉（保志總一朗 配音）、阿斯蘭（石田彰 配音）等人外，還有大量新角色的登場(chǎng)。而故事也將演變的更為復雜，沖突加劇，戰爭升級。
C.E.70年2月，“血染情人節”事件的輻射效應還在地球聯(lián)合軍和ZAFT中延續著(zhù)。二者發(fā)動(dòng)了數次對抗，傷及眾多無(wú)辜百姓。C.E.71年6月，地球聯(lián)合軍居然不顧條約發(fā)動(dòng)了對中立國家?jiàn)W布聯(lián)合酋長(cháng)國的侵略。這讓少年真飛鳥(niǎo)（鈴村健一 配音）在一瞬間失去了自己全部的親人，而且都是在自己眼前。這件事對飛鳥(niǎo)的打擊不小，讓他這個(gè)無(wú)憂(yōu)無(wú)慮的平凡少年，決定加入ZAFT。加入ZAFT，飛鳥(niǎo)遇到了許多挫折和坎坷，也看到了人性的殘忍和無(wú)奈，最嚴峻的情況是自己內心始終籠罩著(zhù)家人離去的陰影。飛鳥(niǎo)的成長(cháng)在ZAFT正式開(kāi)始。他和基拉、阿斯蘭他們又會(huì )有怎樣的交集呢？
