某日，小新（矢島晶子 配音）在河堤上撿到了一瓶神秘的液體，把它帶回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢橋美紀 配音）和廣志（藤原啟治 配音）在無(wú)意之中將其喝下，隔天竟然變異成為了動(dòng)物。 之后，一個(gè)神秘的環(huán)保組織SKBE擄走了小新一家人，而為首的，竟然是雙葉里的里長(cháng)四膳守（山寺宏一 配音）。原來(lái)，四膳首是一位激進(jìn)的環(huán)保主義著(zhù)，妄圖通過(guò)一種神秘的藥物將破壞環(huán)境的人類(lèi)全部都變成動(dòng)物，而小新?lián)斓降纳衩匾后w就是還尚處于測試階段的藥物，四膳守準備將美伢和廣志當做實(shí)驗對象進(jìn)行研究。在神秘女子維多利亞（后藤邑子 配音）的幫助下，小新一行人成功出逃，他們和春日部防衛隊一起，決心破解四膳守的陰謀。
