自西元20XX年，人類(lèi)從肯亞圖爾卡納湖的湖畔挖出了一個(gè)名叫索哈爾(Zohar)的物體之后，便開(kāi)始對它進(jìn)行研究，后來(lái)有人重建出來(lái)所謂的“神之語(yǔ)言”，并建立電腦程式以啟動(dòng)原始索哈爾，進(jìn)行和上位領(lǐng)域的U-DO(上位領(lǐng)域當中的紅色波動(dòng)存在)連結的連結實(shí)驗，但很不幸地，從上位領(lǐng)域流入下位領(lǐng)域的能量造成了事象變移，使地球(游戲中所謂的“失落耶路撒冷”)幾乎完從從宇宙中“消失”，人類(lèi)因而被迫逃亡，離開(kāi)地球。
　　到了四千年多后，在故事開(kāi)始前十五的T.C.4753年，米爾奇亞行星(Miltia)爆發(fā)了所謂的米爾奇亞沖突事件，在此次事件當中，米爾奇亞行星的人類(lèi)疑似遭到了格諾西斯(Gnosis)的攻擊，并在沖突事件后消失，但事件的真相卻因為米爾奇亞的消失而不為人知。在事件后，啟動(dòng)原始索哈爾（后來(lái)人類(lèi)制造出了十二具索哈爾模擬體，因此原有的索哈爾就被稱(chēng)之為原始索哈爾）所需的神之語(yǔ)言、原始索哈爾的研究成果、米爾奇亞的U.M.N.座標等事物，都被封存在Y資料當中，而Y資料又被封存在百式觀(guān)測用合成人(Relian)M.O.M.O.的意識內，然而這么做卻引起了各方勢力對M.O.M.O.的爭奪，因此星團聯(lián)邦政府(游戲中統治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一個(gè)名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保護M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米爾奇亞沖突事件結束后的十幾年，也就是大約在游戲EPI開(kāi)始的時(shí)候，當時(shí)最大的企業(yè)貝克達公司以對抗格諾西斯侵擾的名義，進(jìn)行對格諾西斯用戰斗兵器KOS-MOS的開(kāi)發(fā)計劃，但和當時(shí)多使用合成人(Relian)與生化人(Cyborg)的情況所不同的是，KOS-MOS是個(gè)純粹的機械制品。另一方面，在EPI開(kāi)始時(shí)，參與KOS-MOS開(kāi)發(fā)計劃的貝克達公司第一開(kāi)發(fā)局研究人員卯月紫苑，正乘著(zhù)當時(shí)載有還沒(méi)正式啟動(dòng)的KOS-MOS的Woglinde號太空船進(jìn)行旅途。但沒(méi)想到其太空船卻被沖著(zhù)索哈爾而來(lái)的格諾西斯所攻擊，而KOS-MOS也在此時(shí)突然啟動(dòng)，卯月紫苑因而被卷入一連串和格諾西斯及索哈爾有關(guān)的陰謀，以及會(huì )改變人類(lèi)命運的事件當中……