公元2029年，未來(lái)世界是高科技與信息化的世界。人類(lèi)生活水平的提高伴隨著(zhù)犯罪活動(dòng)的高科技化，于是，專(zhuān)門(mén)鎮壓高科技犯罪的特殊部隊——公安9課成立了。隊長(cháng)草薙素子，作為一位全身“義體化”的女警，帶領(lǐng)公安9課不斷展開(kāi)行動(dòng)。
　　是次，公安9課幫助公安6課秘密解決了一位程序員外逃他國的麻煩瑣事，又卷入傳說(shuō)中的黑客“傀儡師”的犯罪事件。當行動(dòng)陷入僵局之際，傀儡師竟然不請自來(lái)，出現在公安9課！素子與她的戰友們，不知不覺(jué)地被卷入了一場(chǎng)涉及政府的陰謀之中。

21世紀初，人類(lèi)將多數人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計劃失敗，人類(lèi)只得再度返回地球。而長(cháng)距離亞空間航行所引發(fā)的時(shí)空歪曲，導致人類(lèi)回到的地方變成了“兩萬(wàn)年后的地球”。在這個(gè)地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時(shí)，與?？宋鞲?、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實(shí)行謀劃了20年的“對哥斯拉戰術(shù)”，通過(guò)殊死戰斗成功擊倒了哥斯拉。
　　但喜悅并未持續多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現身了。兩萬(wàn)年間持續成長(cháng)生存、身高300米、質(zhì)量超過(guò)10萬(wàn)噸，在進(jìn)化成這種姿態(tài)的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被視為人類(lèi)的殘存者“弗圖亞”之民，米亞娜。弗圖亞是他們在這個(gè)地球首次遇到的人型生命種族。他們會(huì )是人類(lèi)的子孫嗎——?！案D亞的神也被哥斯拉擊破，如今只剩下卵。挑戰者、抗爭者，全部被火焰吞噬而消失了”面對這樣的他們，晴男回應道“這是以人類(lèi)的雙手奪回地球的最后機會(huì )了”。
　　另一方面，比爾沙爾德的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀他們在富士山麓作為“對哥斯拉決戰兵器”所開(kāi)發(fā)、在啟動(dòng)前遭到破壞的“機械哥斯拉”由同種物質(zhì)所構成。這正是當時(shí)的開(kāi)發(fā)設備至今仍然殘存的證明——。

電影由三部短片組成。

女孩帶著(zhù)妹妹和父母一家四口受到邀請搬家來(lái)到了一幢富麗堂皇的別墅里，在這里，他們不愁吃喝，甚至不用做飯和打掃衛生。雖然新家和寬敞，但女孩更喜歡原來(lái)那個(gè)破舊的溫馨的舊房子。每天夜里，女孩都會(huì )在別墅里看到詭異的景象，這令她的心中充滿(mǎn)了恐懼，似乎有什么恐怖的事情正在這幢別墅、以及爸爸媽媽的身上發(fā)生。
　　小鼠是一名房屋經(jīng)紀人，他將全部的經(jīng)歷都花在了裝修房子上面，希望這間別墅能夠賣(mài)一個(gè)好價(jià)錢(qián)。當一切的裝潢都完成后，小鼠在屋子里震驚的發(fā)現了橫行的蟑螂甲蟲(chóng)，與此同時(shí)，想要買(mǎi)房的客人們已經(jīng)上門(mén)了。
　　珍是一名房東，而她的租客們似乎都無(wú)法按時(shí)繳納房租，這令她沒(méi)有足夠的錢(qián)，來(lái)改善這幢已經(jīng)漸漸老化的房子。珍非常喜歡自己的房子，她的夢(mèng)想就是能夠將它裝潢得漂漂亮亮的，然后邀請更多的租客進(jìn)來(lái)居住，但她并沒(méi)有發(fā)現，這個(gè)夢(mèng)想漸漸變成了牢籠，將她囚禁。

在邪神加坦杰厄和迪迦奧特曼的決戰結束后，人類(lèi)世界迎來(lái)了長(cháng)達兩年的和平歲月。這一日，入間隊長(cháng)隨同GUTS考古隊來(lái)到位于南太平洋的遠古遺跡露露耶，他們再次發(fā)現了業(yè)已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 飾）、達拉姆（松田優(yōu) 飾）及女領(lǐng)袖卡美拉（芳本美代子 飾）。入間極力反對對古跡的觸動(dòng)，但絲毫無(wú)法改變上層的決定，最終導致三尊邪神復活，人類(lèi)再度面臨危機。與此同時(shí)，圓·大古（長(cháng)野博 飾）與柳瀨·蕾娜（吉本多香美 飾）相知相守，即將步入婚禮的殿堂?？墒切吧裰笓]其爪牙向人類(lèi)世界發(fā)起進(jìn)攻，早已喪失奧特曼力量的大古，面對當前的危機束手無(wú)策。

《超人之死》和《超人的統治》現在是一部長(cháng)達兩個(gè)多小時(shí)的未刪節的無(wú)縫動(dòng)畫(huà)。見(jiàn)證正義聯(lián)盟和一支不可阻擋的外星力量之間的無(wú)障礙戰斗，這場(chǎng)戰斗只有超人才能完成，并將永遠改變大都會(huì )的面貌。超人的死而復生在一場(chǎng)...

在另一個(gè)地球上，小丑使詐讓超人殺死了露易絲·萊恩，致使英雄狂暴。超人決定控制地球，蝙蝠俠和他的盟友不得不試圖阻止他。

一只小鸻鷸因為沒(méi)有學(xué)會(huì )飛翔，而被遷徙的鳥(niǎo)群落下，它要一個(gè)人面對寒冷的冬天以及捕食者的威脅，最終在朋友的幫助下，他找到了溫暖的避難地，迎來(lái)了又一個(gè)春天。